это норма, это называется принудительный холостой ход, это так и должно быть, просто в чипованых программах эта разнича оборотов меньше, сделано для того, что бы после движения накатом в момент резкого ускорения двигатель трогался без провалов и поддергиваний. конечно, вы сами ответели на свой вопрос.... раз дроссель увеличенный у вас с нова и прошивку делали на увеличенном дросселе с нова, значит после установки дросселя (заводскаго), вам просто надо сделать прошивку на заводском дросселе, либо просто установить заводскую прошивку.